Les manipulations de dossiers (nom, déplacement, etc) doivent se faire avec Lr pour que les liens restent corrects.
Si elles sont faites à partir de l'explorateur Windows, Lr ne peut pas deviner ce qui est fait à l'extérieur.
Dans le cas présent, il suffit de ré-importer les photos du nouveau dossier, en indiquant de ne pas ré-importer les doublons.