Apparemment, pour un Nikon D90:
1) en mode NEF seul, le fichier produit est un RAW compressé (-50% à -70%), et avec perte d'information
2) en mode NEF + jpg, le fichier RAW ne serait pas compressé => à vérifier en regardant la taille du fichier NEF qui doit être approximativement égale au nb de pixels du capteur.
Autre piste intéressante : selon Nikon, le D90 offre la possibilité de traiter les RAW DANS le boitier (par exemple, les aberrations chromatiques). Il faudrait regarder de ce côté également pour vérifier que le boitier ne "tripote" pas le RAW à ton insu !
Une chose est claire : si le NEF-RAW est compressé, il est tout à fait possible que les grands aplats comme le ciel ne soient pas correctement rendus !