Parce que tu as créé la tienne sur l'un des disques et que LR créé la sienne sur l'autre disque (même s'il est se ressemblent, elles sont différentes).
Par contre, si tu laisses LR créer sa propre arborescence, avec des dates, tu peux sauvegarder celle créée par LR sur ton disque externe. Et tu n'auras en fait pas perdu grand chose par rapport à celle que tu avais créée manuellement, car elle sera dans le même esprit.
Et tu n'auras pas besoin de le faire manuellement.
Là, les deux structures seront identiques.