Qu'appelles-tu "dossier racine": les originaux ?
Si je comprends:
1) Les originaux sélectionnés pour être publiés constituent des collections.
2) Ces collections (tu leur as donné des noms) se trouvent dans Lr.
3) Tu les exportes deux fois; sur le web, et sur un HD externe.
4) Pour les modifier, tu bosses dessus dans Lr, et les exportes à nouveau deux fois (web et HD).
Dans Lr, tu as accès à ton dossier d'originaux, et à ces collections.
Le dossier de ces collections exportées sur un HD externe apparait vide dans Lr, évidemment, puisque tu ne vas tout de même pas importer des images que tu as exportées, ça ne servirait à rien.
Le seul dossier "racine" pour Lr est constitué des originaux, dont les aperçus comportent tes modifications.
Si les collections que tu avais constituées dans Lr sont vides, il n'est pas difficile de les refaire à partir du dossier "racine", en utilisant ton site ou ton HD externe comme aide-mémoire, non ?