Je suppose que c'est parce que l'image est physiquement supprimée par l'explorateur de fichiers mais reste référencée dans la librairie LR...
Sous LR1, il suffit de faire "Bibliothèque" -> "Synchroniser le dossier" en ayant soin d'avoir coché la case "Supprimer les photos manquantes du catalogue"...
Sous LR2 béta, je ne sais pas, je ne l'ai pas encore installé, j'attends de voir avant de le faire, je ne veux pas prendre de risques...