Je vais tester, merci.
Pour les NEF, je suis d'accord avec toi, mais pour des photos du quotidien, après que les développements sous LR3 aient été fait, je suis prêt à m'en séparer, car la taille de mon disque dur n'est pas extensible.
Pour les autres photos, où je cherche l'aspect technique, esthétique ou artistique (...), là je conserve préciseuement les NEF.
EDIT :
Je viens de trouver l'origine du problème et donc la solution.
Dans le menu Edition > Préférences, dans le premier onglet "Général", il y a un case à cocher:
"Traiter les fichiers JPEG proches des fichiers RAW comme photos disctinctes"
EDIT 2 : A noter tout de même que la meilleure façon est de modifier le nom du fichier JPEG (en rajoutant une séquence à la fin, par exemple). Sinon la méthode n'est pas fiable à 100%.